STIKES PERTAMEDIKA memiliki lambang/logo terdiri dari rangkaian bentuk silang, bulatan, bintang, pita dan bentuk tidak beraturan, yang dirangkai menjadi suatu kesatuan yang utuh.  Sebuah kesatuan yang memberikan makna dan melambangkan sebuah maksud tertentu yang ingin dicapai, Logo yang mengacu pada sebuah titik balik atas kinerja yang diharapkan membaik seiring dengan lajunya bisnis yang digeluti. Sebuah kesatuan dari rangkaian bentuk yang memiliki warna yang juga melambangkan arti tersendiri. Logo ini memiliki warna dasar merah, kuning, biru  dan hitam, sedangkan warna hijau yang dikehendaki dicapai dari perpaduan kuning dan biru. Apabila diuraikan secara tematis dari setiap bentuk yang dipakai maka logo ini dimaksudkan melambangkan/mengartikan diri/sebagai :

1. Silang, melambangkan dasar kesehatan yang juga mengandung warna keteduhan (hijau), dimana warna ini jelas mengacu pada warna dasar kesehatan, sesuai misi PT PERTAMINA BINA MEDIKA yang bergerak dalam bidang kesehatan.
2. Lingkaran, melambangkan sebuah kesatuan yang utuh dalam pelayanan kesehatan dimana dasar dari lingkaran adalah warna kuning keemasan warna yang bersifat terang/panas melambangkan dinamisasi kecepatan dan dinamika.
3. Bintang, melambangkan keagungan, juga sifat kemanusiaan yang memiliki arti selalu mengedepankan kemanusiaan dalam pelayanan tanpa membedakan golongan atau status sosial dari mereka yang membutuhkan pelayanan.
4. Bentuk tidak berutaran, yang menggambarkan kuda laut, bintang dan pita sebagai lambang dasar PT PERTAMINA BINA MEDIKA sebagai induk dari Yayasan Pendidikan PERTAMEDIKA yang menaungi STIKes PERTAMEDIKA.